巴基斯坦动荡的政局是最现实的不稳定因素。巴基斯坦的内部斗争激烈，且政府与军方在有些重要问题上难以达成一致意见。在中巴经济走廊建设问题上，不同部族势力、利益集团和政党之间也是存在分歧的，巴国内对于经济走廊路线的走向也是争议不断。由于巴基斯坦国内利益难以协调，政府的政策在很大程度上不具备连续性和稳定性。
中巴经济走廊建设因此也面临许多困难。此前，中巴已有在两国建设自贸区、打通经济走廊的尝试，但由于安全、交通、电力等方面的问题，并未实现真正的互联互通。因此，在中巴经济走廊建设过程中，中国应坚持适当和适度原则，加强对项目投入和项目方向的把控，重视对风险的评估和预警，提高风险防范意识和应对能力，建立有效的应急管理体系；规范项目参与企业及人员的行为，为中方树立良好形象，减轻和避免不同文化间的误解与冲突；进一步密切与巴方在具体事务上的协调与配合，如共同维护项目及相关人员安全，为巴方民众提供职业技术培训等。同时，加强政党沟通、人文交流和教育合作，积极协调中巴两国国内在具体项目操作上的分歧，增进两国民众之间的理解和认同，建立信任和默契；对中巴经济走廊建设持开放、包容的心态，鼓励多方参与，支持和接纳周边国家共同建设，为增信释疑做出更多的努力，为推进中巴经济走廊建设争取更多的认可和支持。总之，只有对中巴经济走廊建设面临的风险与挑战进行全面了解和充分评估，才能促进中巴经济走廊规划在具体实施过程中取得好的成效，让经济走廊建设真正惠及两个国家及其人民。