刘璋一看是刘巴，喜出望外，因为刘璋的父亲刘焉，跟刘巴的父亲有旧交，刘巴的父亲还提拔过刘焉。刘璋把刘巴待若上宾。
没过几年，张鲁寇边犯境，张松、法正等人劝刘璋把刘备找过来抵御张鲁。刘璋采纳了这个意见。
当时，入幕刘璋的刘巴，给了刘璋一个很有战略眼光的建议：不要接纳刘备。
《零陵先贤传》记载说：“巴谏曰：‘备，雄人也，入必为害，不可内也。’既入，巴复谏曰：‘若使备讨张鲁，是放虎于山林也。’璋不听。巴闭门称疾。[40]”
刘璋多次不听刘巴、王累、黄权等人的逆耳忠言，把基业搞丢了也正常。
不过，刘备也真是爱护人才，而且不计旧怨，围攻益州时，曾号令三军：“谁敢加害刘巴，就灭他三族。”后来，士兵们拿住了无法逃身的刘巴，刘备大喜。
刘备再次盛情相邀，诸葛亮也写信对刘巴苦言相劝，走投无路的刘巴只好谢罪归附，被刘备任命为左将军西曹掾。
当时，刘备刚刚打下益州，益州的府库空空如也，财政收入几乎为零。刘备就询问刘巴，有没有什么办法搞点钱出来。
刘巴给刘备支了三招。
其一，表彰那些在益州之战中给你粮草、给你肉吃的土财主，把他们的大门一律粉刷，把他们的里门一律加高，把他们在政治上的待遇统统拔高，并对他们说：“益州之战中，若不是你们率先垂范，毁家纾难，急公好义，西川怎么可以安定呢？”然后把这些曾经给过你资助的富户，都挨个登记上，让他们以后出入大街小巷，都跟县长一个待遇。