左宗棠接到命令之后，马上调动人马赶赴陕北，期间他写了奏折上报朝廷，保荐湖南巡抚沈葆桢来福州做船政局的船政大臣。朝廷鉴于左宗棠立下汗马功劳以及捻军之事迫在眉睫，于是就答应了左宗棠的请求。左宗棠之所以要调沈葆桢来福州，是因为沈葆桢是自己的亲信，左宗棠希望他和胡雪岩一起管理福州船政局。另外左宗棠不想看着自己一手建立的福州船政局就这样半途而废，要有个人替自己好好地管理下去，而此时，胡雪岩也被任命为船政局的提调并兼管浙江转运局。这些都安排好了之后，左宗棠才浩浩荡荡地进军陕甘地区，准备平定捻军。
福州船政局最终没有白建，五年过去了，福州船政局造出了大型轮船十余艘，真正的成为中国近代第一家新式造船厂。而后来船政局又组建了南洋水师，并且还培养出了一批英勇能干的人才，比如铁路工程师詹天佑，水师林日升等等，都为中国的洋务运动作出了巨大的贡献。
然而法国人日意格却在此时和福州船政局关系破裂了，当然主要原因在于日意格。日意格通过和中国人长时间合作以后，尤其是在福州船政局担任洋技师时，他发现中国人想自己学习造船技术，于是他就认定自己日后能够和福州船政局长久地合作下去。但是他在其他方面的生意也不会松懈，他不断地来往于上海、福建和法国之间，并赚了不少的利润。最重要的是，他不但明白了中国人学习技术的决心，还了解了当时政府的腐败。清廷的没落无能进一步带动了各地方政府的腐败和贪污，因而日意格学会了贪污腐败。