总而言之，陈明遇与阎应元二人成为江阴民众领袖，对江阴这个弹丸之地能抵抗清军二十万大军达八十一天之久起了决定性作用。他们宽严相济，恩威并施，“说者谓阎是严父，陈是慈母，如此不愧为民之父母”。
八十一天里，江阴人过的是供给制的集体生活。他们首先清查了这座城市的所有物资，最重要的物资其实只有两种，一是军用品，一是食品。清查的结果，江阴城物资明细如下：火药三百瓮，铅弹子一千石，大炮一百门，鸟枪一千支，铜钱一千万贯，絮帛一千万端，酒一千酿，水果一万钟，豆类一千斛，刍藁一千万束，食盐一万斤，铜器和铁器一万件，牛一千头，羊和猪一千只，干鱼一千包，蔬菜一千畦。
作为江阴抗清义军的总指挥，阎应元不负众望地显露了他卓越的领导才能和军事谋略——如此优秀的干材，却沉于典史这种不入流的下僚，军国大事执掌在一帮颟顸无能的肉食者手中，明朝的灭亡，一点也不奇怪。
阎应元挑选年轻力壮的市民和原有的民军一道重新进行整编，命武举人王公略守东门，把总汪某守南门，陈明遇守西门，他亲守北门。此外，他还和陈明遇总督四门，昼夜巡守。城外的乡兵和城内的民军加在一起，数量有二十万之众，阎应元令分保防守，城门用大木塞阻断，每人守一城垛，如战，则两人守之，定期轮换休息。每十人为一小组，给小旗一面，百人为一大组，给大旗一面、红夷炮一座。接近城楼的街道上，分设供应守城军队饭食饮水的后勤点，派章经世、夏维新和王华等人负责全城的后勤保障工作。