在这场战争中所覆灭的隶属于大都督府的明初“三大营”编制几近颠覆。战后，朱祁钰令于谦、石亨等人积极组织军事演习，以团营编制重组军队，加强军队将领与士兵之间的熟练度（此前都是尽量避免双方常驻以免将领异心引发叛乱），他还选定善战者十五万交由于谦、石亨等名将，日夜操以严格的训练，使军令如山无敢不服。此外，朱祁钰大力发展军中火器，三大营专有的火铳成为新设兵营的标配，以此专门针对草原民族的游骑兵。明代宗的军事管制和改革在明代历史上产生了深远的影响，将大明的军事实力提高多个档次。明末对火器几乎未再发展，因此明中期对于火器炮铳等火力的研究几乎达到了明清的巅峰水平。他在位期间，也先率领的瓦剌再未侵犯大明内地，北方百姓重新获得了喘息和发展的机会。此外，他还对西南的民族叛乱分子予以打压，令两广总督镇压贵广地区的起义，巩固中央和地方的政权。
大概是对战前朝廷上的暴乱印象深刻，朱祁钰严厉打压朝中的党争，对大臣之间的结党营私毫不留情，但凡有苗头便苛责惩戒。朱祁钰在位期间，御史言官上书最为积极，即使经内阁分流后仍有不少呈给景泰帝，朱祁钰也来者不拒，对上书的意见非常重视，并主动派人下去调查。朱祁钰对曝光出来的贪官污吏、违规乱纪者处以重刑，一视同仁，丝毫不手软。包括他身边的亲信太监金英（朱祁镇在位时便陪伴其左右，且由他宣布朱祁钰即位）在执掌司礼监大权后，对于地方盐铁多有沾手而不入国库，朱祁镇得知后立即废其职位另起用他人。太监本是皇帝最亲近的群体，在朱祁钰的震慑下这些他身边的红人无不颤颤巍巍谨慎从命，何谓王朝之奇景。此外，朱祁钰缩减锦衣卫的管辖权，这个权力外溢、深受大臣厌恶的情报机构在朱祁钰在位期间也相当老实本分，显示出一代明君对大局的掌控程度相当不凡。