以上事实都很清楚，最大的疑点在于“捉放曹”故事的核心事件——“吕伯奢家灭门惨案”到底是怎么一回事？
为什么说吕伯奢家灭门惨案是最大的疑点呢？因为汉末三国历史最重要的史料——《三国志》和《后汉书》，对这个案件都没有任何记载。今天关于这起案件所能掌握的一些蛛丝马迹，都来自南朝裴松之为《三国志》所作的注释。裴松之的注释中，一共引用了三位证人和他们的三份证言。但是这三份证言各不相通，互相矛盾。下面，我们就请出三位证人，看看他们分别是怎么说的。
证人一：王沈 证人证言：《魏书》
根据王沈的证词，曹操经过故人吕伯奢家的时候，吕伯奢本人并不在家。而吕伯奢的儿子们见财起意，一看曹操骑了这么好的高头大马，又带了这么多的盘缠，所以组建了一个犯罪团伙，对曹操实施抢劫。曹操被迫无奈，进行正当防卫，把这个犯罪团伙的成员全给杀了。杀完之后，就跑了。值得注意的有两点：第一，这里没说吕伯奢是曹操父亲的朋友，只说是曹操本人的“故人”，不过从吕伯奢的儿子们有杀人能力来看，吕伯奢应该确实是曹操的父执辈；第二，一共杀了几个人，没说。这是第一个版本。
证人二：郭颁 证人证言：《魏晋世语》
郭颁也说：曹操跑到吕家的时候，吕伯奢本人不在家，吕伯奢的五个儿子并没有对曹操实施抢劫，而是热情地款待了他。但是曹操这个人疑心病太重。他觉得：你们对我这么好，是要干吗呢？俗话说得好：无事献殷勤，非奸即盗。你们是不是要谋害我？所以他就拿起屠刀，杀死了吕伯奢家的八口人，然后跑路了。这里有具体的死亡人数。这是第二个版本。