为了提高工作效率，减轻现有工作人员的压力，法官人数在1558年24人的基础上增加了16人，1566年再增加8人，1570年最终确定为41人。此外，帝国等级会议还在1570年减少了案件数量，其方法是将上诉费从50弗罗林上调到150弗罗林。1570年和1586年的帝国代表会议则对审判日期进行了压缩，目的在于使罪犯尽快受到惩罚。
帝国最高法院审理所有地区的诉讼，其判决也对各邦国法院有示范作用，对于帝国的司法统一来说，这样做是很有必要，也是很有意义的。但自1610年起，帝国宫廷参事院对于帝国事务的干预，使得帝国最高法院遇到了一个强有力的竞争对手，帝国的司法统一也就无法实现了。
通过帝国皇帝费迪南一世，帝国宫廷参事院在1559年4月3日颁布了一个新条例，其中包括在中央当局中常见的合议法。据此，每个案件都由某位工作人员单独承接，但其最终判决由合议机构的多数表决做出。遇有争议，则由最高首领定夺（Votum ad imperatorem）。帝国宫廷参事院也负责审理帝国属意大利的案件，以及行政管理和政府事务。它在司法审判方面与帝国最高法院进行激烈竞争。这两个法院都审理破坏和平案件、违法案件和上诉案件，但帝国宫廷参事院能够较快作出判决，与帝国最高法院相比，它较少受到形式上的审讯程序制约。帝国最高法院因为帝国宫廷参事院的竞争而相形见绌，但后者更多地体现了皇帝和奥地利邦国君主的意志而非帝国的整体利益，不能也不想实现帝国的司法统一。另外，在帝国皇帝鲁道夫二世统治时期，在20余名帝国宫廷参事中，天主教徒虽然占绝对多数，但也有几位是福音教徒，这就说明当时并不存在严重的教派褊狭。教派斗争大约是在1590年以后才开始激烈起来。因为破坏和平、归还财产和宗教纠纷而提起的诉讼不断增加，帝国宫廷参事院的工作非常忙碌，但单纯依靠此类司法审判机构也是不能完全解决宗教冲突问题的。