墨索里尼听后大发雷霆，声称如果巴多利奥辞职，他立即接受，愿当总参谋长的人有的是。巴多利奥并不真心想放弃这个权力很大的要职，只好软了下来，要求墨索里尼给他四个月的时间准备入侵希腊。但是墨索里尼不答应，巴多利奥又要求对希腊只进行一场有限空袭，墨索里尼同样拒绝了，坚决要求向希腊发动全面进攻，巴多利奥只好照办。由于这次争吵，巴多利奥与墨索里尼之间产生了裂痕，墨索里尼已无法容忍，把巴多利奥看作是他与军队之间关系的障碍，伺机撤他的职，让自己的亲信取而代之。
1940年10月28日，墨索里尼以希腊破坏中立，帮助英国为借口，集中8.7万军队，686门大炮，163辆坦克和380架飞机向希腊大举进犯。意军开始很快突破了希腊边境防线，迫希军后撤50多公里。但希军很快展开反击，意军被打得全线溃退。侵略希腊的失败使墨索里尼即感到丢人又感到气愤，想找替罪羊来承担失败责任。墨索里尼以“巴多利奥因健康及年龄提出辞职”为由，解除巴多利奥的职务，由卡瓦列罗担任意军总参谋长。
迷途知返，反戈一击
巴多利奥被解职后，长期住在米兰附近朋友内基的别墅里，一度远离意大利政治、军事中心，过着悠哉生活。但是他不甘心就此退出政治舞台，仍密切注视时局的发展，伺机东山再起。