人身攻击完了之后，朱棣开始对建文一朝否定。朱棣直接下令把建文四年改为洪武三十五年，第二年则为永乐元年。以此类推，建文元年为洪武三十二年，建文二年为洪武三十三年，建文三年为洪武三十四年，这就等于不承认建文帝在位的四年，这样做是为了直接将建文帝从明朝的皇位继承顺序中除名，也再次向世人证明朱棣继承的朱元璋的皇位，和建文帝没有任何关系，毕竟洪武之后就是永乐了。
朱棣打出来的另一个旗帜是“恢复祖制”，之前建文帝在位期间曾对朱元璋所确立的各项政治制度进行过调整和改革，其中固然有一些不合实际的措施，但有一些还是合理的，毕竟朱元璋的政策实行了三十多年已经有一些跟不上时代了，但朱棣不管这些，他宣布这些都是朱允炆的恶行，于是凡是建文帝所制定的策略，凡是与朱元璋时代所相抵触的，一律废除，一切以洪武旧制为准，就这样，朱棣打着维护祖制的名义，将建文帝在位期间所有的政治措施全盘否定，不仅让建文帝背上了违背祖制的罪名，更是表明了自己是祖制的维护者，是朱元璋的正统继承人。但是朱棣这种“一刀切”的做法连手下的大臣们都有异议，比如时任吏部尚书的蹇义便曾对朱棣进行过劝谏，表示建文帝的政策也不全是坏的，应该取其精华去其糟粕，但朱棣不听不听就是不听。