根据国家社会主义经济建设的需要，1952年6月，全国高等学校进行大规模院系调整。在院系调整中，北京大学及燕京大学的工学院并入清华，清华大学文学院、理学院和法学院并入北京大学。同时，又以清华某些院系和其他院校相关系科为基础，成立了北京航空学院、北京钢铁学院、北京矿业学院、北京地质学院。院系调整后，清华大学设置机械制造、动力机械、土木工程、建筑、电机工程、无线电工程和石油工程等8个系，共22个专业。不久，石油工程系又调出清华，组成北京石油学院。这次院系调整，使清华由延续27年并已形成自己特点的多院制综合大学的体制，转变为一所多科性工业大学。
1952年11月，经中央人民政府批准，教育部任命蒋南翔为清华大学校长。1956年后，清华大学实行党委领导下的校长负责制，蒋南翔校长同时任党委书记。蒋南翔于1932年9月入清华中文系，曾任清华地下党负责人，是“一二·九”运动的领导人之一。新中国成立后，任中国新民主主义青年团中央副书记、清华大学校长、教育部副部长、高教部长、教育部长、中共中央候补委员、中央委员、中共中央顾问委员会委员、中共中央党校第一副校长等职。院系调整后，他出任清华大学校长，直到1966年“文化大革命”无法行使行政职权为止，历时14年。他坚持社会主义的办学方向，高瞻远瞩，实事求是，使清华得到迅速发展，卓有建树。