于是朱元璋改用火攻的办法，他调了七条小渔船，满载芦苇火药，由敢死队队员驾驶，驶近陈军大船，占据上风头，等东北风一起，就点燃小船冲去。陈军船大转动不灵，你推我撞，躲避不及，被火船引燃，蔓延开去，霎时间便腾起熊熊烈焰，几百艘战舰转眼化为灰烬，无数陈军葬身于火海与湖水之中，陈友谅在乱军中中箭而死。
朱元璋消灭了陈友谅，便腾出兵力，又先后平定了东吴张士诚、浙东方国珍，扫荡了福建、两广的元朝残余势力，至此，南方半壁江山，已基本归入朱元璋的掌握之中。
1367年的农历十月，朱元璋任命徐达为征北大将军，常遇春为副将军，率领二十五万将士北征。1368年农历正月，朱元璋在应天即皇帝位，国号大明，改年号洪武，后人称明太祖。这年八月，徐达率大军攻入大都。元顺帝带着宫妃百官逃往上都，元朝灭亡了。