随着回族经济的发展，回族的教育也有很大的发展。在明代，根据明朝政府对伊斯兰教采取宽容政策，清真寺的数量不断增加，而懂得阿拉伯语、波斯语的人又较少，能读懂阿拉伯原文《古兰经》者更少的情况，一些清真寺开始设学培养宗教职学人才，兴起了一股经堂教育的热潮。到明中叶，伊斯兰学者胡登洲集各地经学教育之大成，着手建立一套完备的教学体系，使中国伊斯兰教的经堂教育开始走向制度化。这种经堂学校称为“回文大学”，是一种私塾式的宗教教育。学校就设在清真寺里面，由阿訇招收若干学员，称为“满拉”，或称“海里凡”，传授伊斯兰教经典和功课。课本无统一规定，学制也长短不同，四五年至七八年不等。学员学到一定年限后，经开学阿訇、管寺乡官共同举行“穿衣挂幛”典礼，即可结业，或应聘到各地清真寺当阿訇，或到经堂任教。后来，在经堂教育上又逐渐形成两大派别。以胡登洲及其初传弟子为代表的陕西派，注重学问的专精；以常志美及其弟子为代表的山东派，则强调学识的广博。两派互相竞争，彼此促进，对经堂教育的发展起了积极的推动作用。除了经堂教育，许多地方还开设了私塾性质的书房、学馆，从《三字经》、《百家姓》、《千字文》一类启蒙课本教起，直到讲授《四书》、《五经》。如永乐十九年（1421年）河南沙城回民马氏家族开办了“马家书房”，由马家世代执教，有众多的生徒入读，其中不少人后来考中了举人、贡生、秀才。嘉靖年间，云南回民马一龙辞官还乡，在寻甸修建“玉华山馆”，一边著述，一边教书，有不少回汉子弟入馆求学。还有许多回民，到各府州县学读书，直读到京师的国子监，并参加科举考试。仅云南保山闪氏一姓，在明末就出了21名举人、贡生和进士。明代著名的政治家马文升、孙继鲁都考中过进士，海瑞、李贽也考中过举人。因此，明代的回民不仅知识分子较多，而且还涌现出一批著名的思想家、学者、诗人和科学家，对伊斯兰文化乃至祖国文化的发展做出过重要贡献。