十一月，桓玄佯以表请归藩，使人奏帝，帝作手诏止之留。
又诈言钱塘临平湖开，江州甘露降，使百僚集贺，为己受命之符。又以前世皆有隐士，耻独无之，计求得皇甫谧六世孙希之为署，并给其资帛用，使其独居山林，遣人征为著作郎。又使固辞，然后下诏旌礼，号曰“高士”，时人谓之“充隐”。又欲废钱而用谷帛，及复肉刑，制开无宪，卒无所施。性复贪鄙，时人有书法好画及佳园宅，必假蒲博而取之。尤爱珠玉，未尝离手。至是卞范之为禅诏，逼帝书之，帝勿从。
玄自入言曰：“汝为君不道，四海混乱，吾父子披坚执锐，百战千伤，保此社稷，与汝享祚数十余年。今吾年将老，汝何不发一言？”帝曰：“王欲朕位，何必动怒？容付与伊。”玄回怒作喜曰：“陛下肯为尧舜，吾即退也！”遣司徒王谧禅帝位于玄，帝无奈居永安宫。百官劝进，玄筑坛于九井山北，即帝位，改元永始。封帝为平固王，迁于浔阳。玄入建康宫，登御座而地忽陷，群下失色。殷仲文曰：“将由陛下圣德深厚，地不能载，故如是耳。”桓玄大悦。
玄既即大位，临朝听讼，亲问囚徒，罪无轻重，多得原放。
有于舆乞者，时或恤之。以其祖彝以上名位不显，不复追尊，独纳桓温神主于太庙，四时祀之。时卞范之谓玄曰：“宗庙之祭，上不及祖，有以知楚德之不长矣！”玄性苛细，好自矜伐，正事或一字片辞之谬，必加纠察，以示聪明。或手注直官，或自用令史，诏令纷纭，有司奉答不暇，而纪纲不治，奏案存积，不能知也。又性好游畋，更缮宫室，朝野骚然，思乱者众。