尽管如此，就整个帝国来说，自由农民的存在仅属个别性的例外。绝大多数农民不是佃农就是连人身自由也没有的农奴。在帝国东部，特别是在易北河以东地区，帝国诸侯或邦国诸侯的权力还很微弱，庄园主（乡村贵族或容克贵族）势力较大，农民深受农奴制的束缚，处于领主或庄园主严厉的集约统治之下。他们依附于领主，没有迁徙自由，不能脱离他们的份地，甚至必须获得领主的准许才能结婚，就连他们的身体也可由领主任意享用，他们的孩子也要给领主做奴仆。他们的个人财产极少，但却承担着沉重的劳役，无偿地为主人劳动，缴纳额外的赋税。其中，最为沉重的是遗产税。农奴还隶属于庄园，可以被同庄园一起出卖、抵押和收购。
虽然始终存在剥削和被剥削关系，但在领主和农奴之间也有相互依赖情况。个别领主也会对其农奴尽一些“保护”职责，特别在困难时期，领主有义务帮助农奴渡过难关，例如在歉收时提供种子，在发生火灾（烧毁房舍）时提供建筑木材。有些地方，领主和农奴甚至组建了一种家长制的经济和生活共同体，相互照应。而领主的严厉监控，也使得易北河以东地区的农民之间缺乏合作，大规模的农民反抗斗争难以发生。
在帝国西部，在施瓦本、弗兰肯、萨克森和图林根等地，农奴制原本已经消失，租佃制普遍发展，领主统治变为地主统治，绝大多数农民事实上成了只缴纳货币地租的自由佃农。地主占据“直接所有权”（dominiumdirectum），并且为此索取农民的服务；佃农拥有“受益所有权”（dominium utile），耕种土地，除了缴纳地租，其余收成便为自己所有。而在中世纪晚期农业萧条期间，地主为了留住农民或吸引农民前来，还将地租规定的较低。农民继续负担的地租主要是实物地租，大都用农产品缴纳。