那些拿了贿赂的权贵都出来帮着方国珍说话，皇帝迷惑于左右近臣的进言，只得同意了招安的请求，并授予方国珍徽州路治中之职。治中这一官职，负责文书档案的管理，朝廷以此安置白丁方国珍，无非是给他一个不任实事的虚衔而已。
朝廷再次同意招安方国珍的消息传到江浙行省后，站出来极力反对此事的官员之一，便是时任行省都事的刘基。至正八年（1348）时，刘基出任了江浙行省儒学副提举、行省考试官，得以在杭州任职。可是不久后他就发现行省监察御史渎职，刘基愤而举报，不想这官场沆瀣一气，执司监察的中书省宪臣非但不予追究，反而对刘基大加斥责，刘基因此再次愤然辞职。
这次辞职后，刘基没有跟上次一样回乡和出游，反而在杭州闲居了四年，直到西系红巾军杀到了杭州。在回乡避乱期间，刘基越发感到自己有平治天下、救济苍生的职责，于是在至正十二年（1352）接受了浙东元帅府都事的任命，次年又改任江浙行省都事。这是一个管收发文书、稽查缺失及监印等事的官职，秩正七品或从七品。
朝廷命江浙行省左丞帖里帖木耳招抚方国珍，刘基对方国珍这个老乡的品性甚为了解，他在向行省官员们陈词时指出：“那方氏贼性难改，反复无常，他有一、有二必有三！如今浙东沿海一带民风大坏，人皆不以寇盗为耻，若朝廷还不予以严惩，浙东之局必至不可收拾！”