顾宪成在其间，也曾上书首辅叶向高和吏部尚书孙丕扬为李三才入阁说好话。于是朝中浙党、楚党、宣昆党交章攻击顾宪成，接受了李三才的许多好处，诬蔑漕运总督下辖的浒墅关小河的关税为东林书院专有；经常召关使来到东林书院盛情款待，即使不来，也常常有丰厚的馈赠；顾院长讲学所至，仆从如云，县令招待，非二百金不办，等等。一时捕风捉影诬陷攻击东林者络绎不绝，直到顾宪成去世后，这些流言蜚语依然在朝廷上下流窜。而神宗皇帝超然事外，一直不予理睬，也不制止。直至熹宗上台，魏忠贤当政，罗织罪名将东林党人一网打尽，从此无人敢讲孔孟之道，书院讲学之风为之戒绝，国家正气从此而损失殆尽。《明史·顾宪成传》总结为“杀戮禁锢，善类一空”直到崇祯登基，铲除魏忠贤奸党，东林党人复出，为崇祯所收用。“而朋党之势已成，小人卒大炽，祸中于国，迄明亡而后已。”
流风所及，在崇祯自缢后，依然在南明小王朝上下流窜，直至王朝余绪彻底被扫荡一空。
作为儒林标杆的孔孟之道到汉代董仲舒对于儒学的综合解释运用，完成天道和王道、人道三者的整合，到宋代程朱理学在“存天理，灭人欲”完成整个王朝的尊卑等级秩序，王朝体系趋于完善，到明代更加上特务统治和专制网络的严密，形成王道霸道、儒家法家杂用之局面。所谓王道和儒家学说日益脱离统治阶级的施政实际而变成王朝专制表面拉开挡丑的屏风和遮羞布。秉持儒家道学理念的官员就成了抹布似的官员，为肮脏残酷的王朝政治掸去灰尘，涂抹油漆，显示表面的光洁美好，而骨子里的下流却是去除不尽的。