《永乐大典》是在南京编成的，后来明成祖迁都北京，这部大书也随之被运到北京。该书自编成后，只有精写本，没有刻版印刷。嘉靖四十一年（1562），皇宫失火，《永乐大典》差一点被烧掉。为防万一，明世宗命令礼部选儒士程道南等另抄写《永乐大典》正副本两部。穆宗隆庆元年（1567），正副本抄写完成。自此以后，《永乐大典》就有了三部：第一部是永乐原本，第二部是嘉靖正本，第三部是嘉靖副本。原本存放南京，正本存北京文渊阁，副本存北京皇史宬（chéng）。后来，南京原本尽毁。清初，正本被移放乾清宫，副本被移放翰林院，缺失二千四百多卷。清嘉庆二年（1797），乾清宫失火，正本全毁。藏翰林院之副本，以后又陆续有遗失。清光绪二十六年（1900），八国联军侵占北京，《永乐大典》遭受浩劫，劫后所存，仅三百余册。这些被抢掠去的《永乐大典》，现在分别藏在帝国主义国家的公、私图书馆。
《永乐大典》在我国学术史上占有很高的地位，它辑录古书，直抄原文，保存了今已散缺或已失传的许多重要资料，对研究我国古代文化遗产具有极高的参考价值。
新中国成立后，经过北京图书馆的努力搜集，现在藏在该馆的《永乐大典》共有二百一十五册。连同该馆从国外各国图书馆征集到的一部分复制本（照片和显微胶卷），合计七百一十四卷。1960年，中华书局将搜集到的《永乐大典》影印出版。