在17世纪末乃至整个18世纪，人们普遍接受了一种“神学机械论”(theomechanical)的自然影像，即自然是服从于神所施加的自然法则的粒子的集合。惯性定律，即物体在不受外力影响的情况下不会改变它们的运动状态，是一个重要而富有成果的假设，与此同时，它也给上帝创造和维护宇宙留下了大量工作。但是，物质本质上被动或具有惰性的观念不是原始的伊壁鸠鲁主义的组成部分。原始的伊壁鸠鲁主义强调原子的自发活动、原子多种组合的可能性，以及在不受任何神意指导的情况下由原子的聚集和相互作用产生的奇妙结构和特性。原子本性被动的论题是一种方法，通过这种方法，粒子论(corpuscularian theory)可以适应基督教的要求，即要求自然完全屈从于上帝，而且由永恒不变、确凿不移的法则所支配。
在科学革命期间，原子理论的复兴即使在最受追捧的时期也承受着极大的压力。显微镜并没有实现真正能够看到单个原子和理解它们的结构如何与实体的性质和能量相关的希望。显微镜没能显示出极其微小的粒子，却显示出昆虫身体和植物成分的错综复杂和规律性。结果表明，寻常不过的半透明的池塘水中充满了细小而活跃的“微小动物”。
这些观察启发了像戈特弗里德·威廉·莱布尼茨(Gottfried Wilhelm Leibniz)这样的哲学家，他在17世纪80年代和90年代写道，自然界中的复杂性“一路下降”，然而惰性的坚固粒子是虚构的。莱布尼茨的兴趣涉及物理学、形而上学、显微镜学、自然史和逻辑学，他同意原子主义者的观点，即宇宙从根本上由不可分割的单一实体组成，这些实体坚不可摧又充满活力。但是，他对广延的原子不可分割和不可摧毁的观念表示怀疑。他认为宇宙的终极成分必定是非广延的，因而是坚不可摧的，类似于心灵的实体——它们也是原子，但又有所不同。