“五将军密电”之事一经公开，举国震惊，北洋系更是引发震动，段祺瑞与冯国璋是彼时北洋系中除袁氏以外最位高权重的人物，二人均表示反对帝制，其余人等也纷纷响应。24日，袁世凯发布撤销帝制令，冯国璋在4月16日致电袁世凯，认为目前应该“尊重名义，推让治权，开诚布公，昭告中外”，暗示袁世凯以退位为宜。17日，冯国璋与江苏巡按使齐耀琳提出八条调停时局的方法，包括：一、承认袁世凯仍居总统地位。二、慎选议员，重开国会。三、惩办奸人。四、各省军队须以全国军队按此编号。五、遵守民元约法。六、各省将军、巡按使照旧供职。七、派往川湘之北军一律撤回。八、大赦党人。
这段时间里的冯国璋，北面与袁世凯周旋，南面与西南军政府互通有无。5月18日，冯国璋又连同长江巡阅使张勋、安徽督军倪嗣冲召开南京会议。南京会议争吵不休，但此时袁世凯退位的声音开始响起，而冯国璋则站在了支持袁世凯退位的阵营里。长江巡阅使张勋极力支持袁世凯继续担任总统，南京会议最终无果而终。南京会议结束后不久，段祺瑞派心腹曾毓隽南下会晤冯国璋，商议未来总统人选，冯国璋主张原副总统黎元洪继任总统。袁世凯彼时虽然病重但还没有去世，北洋系两位大佬居然在商议继任总统人选问题，显然是不把老头子放在眼里。这个时候的冯国璋已经不再是只顾着给袁氏看门，首先想到的是维护好自己的利益。