一、为求中国独立自由，必须战胜至少一个帝国主义的国家，以此为最高目的；
二、为达到此目的，必须全国一致；
三、广西必须为把握全国之枢纽，为完成此事，要密切团结内部。
练兵的爱国、民主色彩是很明显的。而另一方面，为着扎稳脚跟，团结内部，他处世行事，力求稳健、冷静，避免轻举妄动。广西同盟会支部负责人耿毅、何遂持黄兴介绍信前往联系，他也避免直接接触，还招致了一些年轻的同盟会会员的怀疑和不满。
广西新军原拟编练一镇一协。由于经费拮据，宣统二年，蔡锷决定将已练成的一镇缩编为一个混成协。这样，干部学堂培养的200多名军官就难以全部安置。于是，他采取甄别的办法，考核品行，考试汉文，分别去留。结果，合格录取120余人，其中湖南籍占90余人，广西籍仅30余人。广西籍学生为此激愤不平。一些年轻的同盟会会员遂乘机宣扬蔡锷任用私人，偏袒同乡，排斥广西人。立宪派控制的广西咨议局也开会弹劾蔡锷。从而掀起了一场驱逐蔡锷出广西的风潮。蔡锷沉着应对，撰写了长达两万余字的辩驳书，逐条批驳了广西咨议局强加在其头上的种种罪名，最后证明了自己的清白 。后经云南讲武堂总办李根源和陆军小学堂总办罗佩金举荐，时已调任云贵总督的李经羲电邀蔡锷去云南任职时 ，他遂决计离开广西前往云南。